Χλωρίδα & Βλάστηση 

Σημαντικά σημεία σχετικά με τη χλωρίδα και τη βλάστηση της λίμνης της Καστοριάς είναι το παραλίμνιο δάσος και οι παρόχθιες διαβαθμίσεις υδρόφιλης και υδροχαρούς βλάστησης.

Το παραλίμνιο δάσος αποτελεί ένα από τα ελάχιστα που έχουν απομείνει στη χώρα μας και αποτελείται από πελώρια πλατάνια, λεύκες, ιτιές, σκλήθρα και πολλά αναρριχώμενα φυτά.

Σημαντική επίσης θεωρείται και η ύπαρξη ενδημικών και σπάνιων είδων της χλωρίδας μας σε διάφορες θέσεις. Eιδικότερα, στα σπάνια φυτά της περιοχής περιλαμβάνονται:

Lilium candidum(Παρθενικός κρίνος (άγρια μορφή)): Φυτρώνει στην περιοχή του Προφήτη Ηλία.
Iris pseudacorus (Νερόκρινο): Φυτρώνει στη βόρεια περιοχή της λίμνης.
Galeopsis candidum: Πολύ σπάνιο φυτό στη χώρα μας. Ίσως η Καστοριά να είναι η μόνη τοποθεσία στην Ελλάδα όπου παρατηρείται το είδος αυτό. Φυτρώνει στη βόρεια περιοχή των παρόχθιων εκτάσεων.
Leucojum aestivum: Φυτρώνει κοντά στα ρέματα Αποσκέπου και Βυσινιάς στη βόρεια περιοχή της λίμνης.
Oenothera erythrosepala: Πολύ σπάνιο φυτό στην Ελλάδα, φυτρώνει στις εκβολές του Ξηροπόταμου, κοντά στο Μαυροχώρι, στην ανατολική πλευρά της λίμνης.
Verbascum phoeniceum ssp.flavidum: Σπάνιο στην Ελλάδα φυτό, φυτρώνει στην ανατολική πλευρά της λίμνης.
Clemantis viticella: Πολύ σπάνιο είδος αγράμπελης για την Ελλάδα, φυτρώνει μεταξύ Μαυροχωρίου και Δισπηλίου, στην ανατολική-νοτιοανατολική περιοχή της λίμνης.
Rhamnus intermedius: Πολύ σπάνιο είδος θάμνου με μοναδική εμφάνιση στη χώρα μας, φυτρώνει νότια της πόλης της Καστοριάς.
Acanthus balcanius: Φυτρώνει στην περιοχή του Αγίου Ηλία.
Trapa natans: Υδροχαρές είδος, που ανήκει στο κόκκινο βιβλίο των φυτικών ειδών της Ευρώπης, παρατηρείται σε διάφορα σημεία μέσα στη λίμνη.
Άποψη καλαμώνων
Όπως προαναφέρθηκε, σημαντική είναι και η υδρόβια και παρόχθια βλάστηση της λίμνης, η ζώνη των καλαμώνων της λίμνης που καταλαμβάνει έκταση 1410 στρεμμάτων. Τα κυρίαρχα είδη είναι τα: Phragmites australis, Scirpus sp., Carex sp., Sparganium ramosum, Iris pseudacorus, Eleocharis palustris, Trifolium sp., Typha angustifolia. Από τα εφυδατικά και υφυδατικά είδη, κυρίαρχα είναι τα: Trapa natans, Ranunculus aquatilis, Potamogeton crispus, Myriophyllon spicatum, Ceratophyllum submersum.
Η λίμνη της Καστοριάς είναι ο πρώτος υγρότοπος όπου η διαχείριση των καλαμώνων απασχόλησε σοβαρά τον τοπικό πληθυσμό. Έτσι, ο Δήμος Καστοριάς, μετά τις σχετικές μελέτες, περνά σε φάση εφαρμογής της διαχείρισης των καλαμώνων.